La microbiota vaginal, dominada por Lactobacillus crispatus, L. jensenii y L. gasseri, protege a la mucosa frente al establecimiento de microorganismos patógenos mediante tres mecanismos complementarios:
a) la adherencia específica al epitelio, que bloquea su asentamiento, b) la producción de compuestos antimicrobianos y c) la coagregación con los patógenos, que potencia su efecto microbiocida.
A pesar de ello, en ocasiones se ve desplazada por microorganismos indeseables, lo que se asocia con la aparición de vaginosis bacteriana, vaginitis por Candida spp., tricomoniasis e infecciones del tracto urinario inferior.